• 简介+侯孝贤代序——凡记下的就存在
• 自序—
• 自序二——在历史的迷雾中寻找前进的道路
• 自序三——第一篇报告
• 自序四——幌马车之歌
• 自序五——为了民族团结而写
• 序曲——伴着脚链声的大合唱
• 第一乐章——故乡：你这个子弟十分天才；民族歧视的殖民教育
• 第一乐章——故乡：素朴的祖国情怀；戴白线帽的青年
• 第一乐章——故乡：钟九河的爱与死；我是不打算结婚的！
• 第二乐章——原乡人的血——从惠阳押解到桂林；送子
• 第二乐章——原乡人的血：在上海；从港九到惠阳；白薯的悲哀
• 第三乐章——战歌：在罗浮山山区；妇女夜校
• 第三乐章——战歌：到原乡走了一趟
• 第三乐章——战歌：旅店生子；策反台侨
• 第四章——归乡：归乡；哪有这样朴实的校长；四方求才
• 第四乐章——归乡：民主的校园
• 第五乐章——“二·二八”前后：接上关系；
• 第五乐章——“二·二八”前后：筹建台湾民主同盟
• 第六乐章——白与红：地下组织，光明报
• 第六乐章——白与红：形势逆转
• 第七乐章——风暴：校长太太，我们是人民解放军…
• 第七乐章——风暴：散珠有串；怕自己还有一点人性
• 第七乐章——风暴：事态非常严重了
• 第七乐章——没什么话好讲；历史的轨道改变了
• 第七乐章——逃亡与牵连；惜别之歌
• 第八乐章——枪决之后：诀别；佛祖的骨灰 及尾声
• 幌马车之歌大事年表一
• 幌马车之歌大事年表二
• 幌马车之歌大事年表三
• 幌马车之歌大事年表四
• 幌马车之歌大事年表五
• 后记
• 附录二：谁的幌马车之歌
• 附录三：一条前行的路
• 附录四1让历史不再有禁忌，让人民不再有悲情
• 附录四2:“二·二八的定性；幌马车之歌；50年代的白色恐怖。
• 附录四3:流亡鹿窑，悲情城市的时空错置；啊！祖国
• 附录四4:抵抗派的知识分子
• 附录四：5 文清之主题
• 附录四6:台湾人与祖国的辩证统一
• 结束语

“《幌马车之歌》真诚地面对钟浩东们那段曾经真实存在过却被刻意湮灭或扭曲的台湾历史，帮助我们比较全面地认识台湾近现代历史的发展过程，进而让我们清楚地知道自己究竟在两岸历史的长河当中所站的时空位置，从而作出自我反省与批判。”